يقوم مجلس أمناء جامعة بيرزيت بمهمة الإشراف على معهد إدوارد سعيد الوطني للموسيقى،   حيث قام بتشكيل لجنة فرعية  بإسم مجلس المشرفين، تتولى إقرار خطط التطوير، والموازنات السنوية واللوائح. للمعهد إدارة عامة مركزها في بيرزيت، ويرأسها المدير العام، وإدارة الفروع ترأسها مدراء الفروع. يضع المجلس الأكاديمي المركزي السياسات الأكاديمية، والتي تتم مراجعتها بشكل منتظم.